Как ГАИ отнесутся к отметки АТ в правах?

Здравствуйте, Владимир!
Советую порекомендовать знакомому авто-юристу пойти на курсы повышения квалификации и выучить нормыст. 12.7 КоАП РФ:
1. Управление транспортным средством водителем, не имеющим права управления транспортным средством (за исключением учебной езды), -
влечет наложение административного штрафа в размере от пяти тысяч до пятнадцати тысяч рублей.
... 3. Передача управления транспортным средством лицу, заведомо не имеющему права управления транспортным средством (за исключением учебной езды) или лишенному такого права, -
влечет наложение административного штрафа в размере тридцати тысяч рублей.
4. Повторное совершение административного правонарушения, предусмотренного частью 2 настоящей статьи, если такое действие не содержит признаков уголовно наказуемого деяния, -
влечет наложение административного штрафа в размере от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей либо обязательные работы на срок от ста пятидесяти до двухсот часов.
Именно по данной статье Вас привлекут к ответственности при обнаружении факта ненадлежащего управления транспортным средством с иным типом трансмиссии (сейчас в водительском удостоверении прямо указывается отметка АТ). Хочу напомнить, что штрафы за подобные деяния нельзя оплатить со скидкой в 50% (они оплачиваются в полном размере).
На практике любой вьедливый инспектор ДПС однозначно придерется к этому и выпишет Вам штраф.

Про ответственность по закону, как Вы пишите, Вы уже знаете (это ч. 1 ст. 12.7 КоАП РФ). А на практике, все как всегда зависит от конкретного сотрудника ГИБДД, который может Вас остановить и устроить проверку. Если у него не будет повода останавливать Вас, выявив какое-то нарушение при вождении автомобиля, то тогда остановка может быть связана с проведением документальной проверки (наличие водительского удостоверения (не просрочено ли), полиса ОСАГО и т.д). В ходе такой проверки инспектор может захотеть убедиться в том числе, может ли водитель управлять механикой, имея в правах отметку "АТ" (автоматическая трансмиссия). Такое право у инспектора есть, и любые прогнозы, будет ли он это проверять или нет, сами понимаете, это гадание на кофейной гуще. Если нарушение будет выявлено, инспектор не должен "закрывать глаза", а обязан дать делу ход, то есть составить протокол об административном правонарушении, а впоследстие будет вынесено и постановление об административном правонарушении. Поэтому в идеале, конечно же нужно иметь водительское удостоверение без каких-либо ограничений, чтобы можно было ездить и на автомате и на механике.

Здравствуйте.
Несоответствие может выявиться совершенно случайно.
Остановили Вас для проверки документов и хоп- обратили на это внимание. Человеческий фактор здесь многое определяет.

Владелец документа имеет право управлять только транспортными средствами, которые оборудованы автоматической коробкой передач

Здравствуйте!
Со стороны закона да это нарушение, и наказание я знаю.
А на практике?
Если со стороны закона это нарушения, то есть со стороны теории, то, конечно, и на практике подобное нарушение может быть выявлено и, Вас привлекут к ответственности. А вот заметит подобный факт инспектор ГИБДД или нет, все зависит от личности инспектора, его заинтересованности. Если инспектор ГИБДД "захочет" найти нарушение, то он его найдет.