Предприятие уведомило что НДФЛ необходимо уплатить самостоятельно - правомерно ли?

Неправомерно - налоговый агент-работодатель обязан сам исчислить НДФЛ.

Неправомерно. Обязанность налоговых агентов правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему РФ на соответствующие счета Федерального казначейства определена в пп. 1 п. 3 ст. 24 НК РФ.

Ответственность за неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный НК РФ срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом в виде взыскания штрафа в размере 20% от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению, установлена ст. 123 НК РФ.