Отказали в налоговом вычете при покупке квартиры так как была куплена у близкого родственника

Отказали Вам правомерно. Такая норма установлена п.1 ст. 220 НК РФ:

Имущественный налоговый вычет, предусмотренный настоящим подпунктом, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей, за счет выплат, предоставленных из средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, а также в случаях, если сделка купли-продажи жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии со статьей 20 настоящего Кодекса.

В заимозависимыми в соответствии с п. 3 ст. 20 НК являются лица, которые "состоят в соответствии с семейным законодательством Российской Федерации в брачных отношениях, отношениях родства или свойства, усыновителя и усыновленного, а также попечителя и опекаемого."

Более подробную информацию по данному вопросу можете найти в письме Минфина РФ от 31.01.2012 № № 03-04-08/9-12