Исчисление срока исковой давности по НДФЛ

Здравствуйте! 1. В декабре 2010 года был произведен платеж НДФЛ за 2010 год по п/п 209 на сумму 46075 рублей, в том числе на 6292 рубля больше, чем начислено. Был неправильно указан КБК - не налог, а штраф. В учете МРИ образовалась недоимка в сумме 39783 рублей, т.к. сумма перечисления в налог не попала.

2. За 2011 год бухгалтер, не зная, что произошла эта путаница с КБК, не доплатил налог на сумму 1895 рублей.

3. За 2012 год снова не доплатил сумму 4397 рублей.

Общая сумма недоимки составила 46075 рублей. Налоговая, в свою очередь, никаким образом нас не беспокоила.

4. В июле 2013 года была получена справка о состоянии расчетов по налогам, из которой мы узнали об ошибочном платеже в 2010 году. По нашему заявлению сумма 46075 рублей была перенесена в налог, т.е. поступила по назначению в 2013 году.

5. При сверке налога НДФЛ за 2013 г. мы узнаем, что лицевые счета учета по НДФЛ в налоговой ежегодно обнуляются и открываются заново. Поэтому из запрошенного электронного акта сверки можно увидеть только наши перечисления за год. В связи с этим бухгалтер тоже не знал о том, что существуют недоимки. Свой учет мы ведем непрерывно с переходящими остатками и у нас числится переплата.

6. На сегодняшний день МРИ не хочет закрывать недоимки 2011 и 2012 годов, ссылаясь на истекший срок исковой давности п/п 209 от 21.12.2010 года и не возвращает нашу переплату за 2013 год, пытаясь удержать сумму недоимки с новых платежек. Как правильно исчислять срок давности в нашем случае?

Главный бухгалтер Татьяна Ивановна.