Есть ли ограничения на передвижения детей в возрасте до 12 лет по территории России?

Статья 12. Приобретение гражданства Российской Федерации по рождению
1. Ребенок приобретает гражданство Российской Федерации по рождению, если на день рождения ребенка:
а) оба его родителя или единственный его родитель имеют гражданство Российской Федерации (независимо от места рождения ребенка);

Закон РФ от 25 июня 1993 г. N 5242-I
"О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации"

Статья 1. Право на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации
В соответствии с Конституцией Российской Федерации и международными актами о правах человека каждый гражданин Российской Федерации имеет право на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации.
Ограничение права граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации допускается только на основании закона.
Лица, не являющиеся гражданами Российской Федерации и законно находящиеся на ее территории, имеют право на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации в соответствии с Конституцией и законами Российской Федерации и международными договорами Российской Федерации.

Поэтому отказ впосадке на поезд детей в сопровождении родителей при наличии у родителей паспортов граждан РФ, свидетельства о рождении детей незаконе. Необходимо обращаться с жалобой в полицию, прокуратуру, суд.