Представленный налоговый отчет не принят программой. Чем это грозит организации?

Организацией был представлен отчет 2-НДФЛ за 2013 г., инспектор налоговой приняла отчет, поставив в реестре печать "принято", расписавшись в протоколе и реестре, и оставив 2 экземпляра себе. Через полгода приходит письмо о том, что отчет не сдан и не принят. Не знаю, что произошло с программой, но на протоколе действительно стоит "не принят". Вопрос: чем это грозит организации, ведь если я сейчас буду сдавать заново, у меня будут штрафы за не предоставление отчета в сроки?