Оформление договора между двумя физическими лицами, одно из которых зарегистрировано как ИП
1) ООО не предлагать;
2) простое товарищество двух ИП не предлагать.
Исходя из описания вопроса предположу что работодатель и работник решили организовать совместный бизнес. Вероятно с привлечением капитала в пропорциях 50 на 50, и при этом работник не желает оформлять на себя ни ИП, ни становиться одним из учредителей совместного ООО. Также предположу что руководить бизнесом будет тот у кого оформлено ИП.
Предположу что в момент раскрутки бизнеса все будет нормально, а вот когда пойдет прибыль (именно в это время и начинаются разногласия между партнерами) работник окажется в менее выгодных условиях. В случае убыточности в менее выгодных условиях окажется ИП, т.к. работник представит дело таким образом, что он давал ИП деньги в качестве займа (скорее всего работник при передаче денег в общий бизнес потребует расписку).
Договор в Вашем случае нужно составлять под конкретные условия,не зная которых сложно советовать. При наличии конкретных условий договора можно попытаться сочинить для них договор.
Договор оказания платных услуг согласно ст. 779 ГК РФ заключайте.