Правомерно ли начисление пеней по УСН за 2013 год в октябре 2015 года, если налог УСН был оплачен 01.04.2014 года?

Здравствуйте! ООО на УСН. Налоговая начислила пени по УСН за 2013 год только в октябре 2015 года. Налог за 2013 год был оплачен 01.04.2014 года, просрочка по оплате УСН конечно же была (авансовые платежи не платились). В июле 2015 года брали справку о состоянии расчетов, штрафов и пеней - в ней пеней не было. Узнали о наличии пеней только в апреле 2016 года, т.к. пришло требование об оплате из налоговой. Налоговая ссылается на ошибку программы. Правомерно ли это начисление?