Рапорт на увольнение, при прохождении лечения

Здравствуйте, Дмитрий!
Не сомневайтесь: как только придет приказ – вас исключат из списков части! Это, во-первых.
Во-вторых, командир нарушает ваши права на получение медицинской помощи в тот статусе, в каком вы сейчас находитесь.
В-третьих, ваши права, чтобы вы знали, чем мотивировать в вашей ситуации.
Итак, военнослужащий подлежит увольнению с военной службы:
в) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе
г) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту на воинской должности, для которой штатом предусмотрено воинское звание до старшины или главного корабельного старшины включительно, или проходящего военную службу по призыву.

Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, может быть досрочно уволен с военной службы (УКАЗ Президента РФ от 16-09-99 1237):
а) при признании его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе по имеющейся военно-учетной специальности (не отвечающим специальным требованиям), но годным к военной службе или годным к военной службе с незначительными ограничениями при отсутствии его согласия с назначением на другую воинскую должность (должность);

п. 12. Увольнение военнослужащего с военной службы по основаниям, когда его согласие на увольнение не предусматривается, производится командованием без рапорта военнослужащего.

14. Перед представлением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, к увольнению с военной службы:
а) уточняются данные о прохождении им военной службы, при необходимости документально подтверждаются периоды его службы, подлежащие зачету в выслугу лет в календарном исчислении и отдельно на льготных условиях, и в соответствии с законодательством Российской Федерации исчисляется выслуга лет. Об исчисленной выслуге лет объявляется военнослужащему. Возражения военнослужащего по исчислению выслуги лет рассматриваются командиром (начальником), и до представления военнослужащего к увольнению с военной службы по ним принимаются решения;
б) с ним проводится индивидуальная беседа, как правило, командиром воинской части. Содержание проведенной беседы отражается в листе беседы. Лист беседы подписывается военнослужащим, увольняемым с военной службы, а также должностным лицом, проводившим беседу, и приобщается к личному делу военнослужащего.

15. Исключение из списков личного состава воинской части военнослужащего, признанного военно - врачебной комиссией негодным к военной службе и нуждающимся в освобождении от исполнения служебных обязанностей и уволенного с военной службы, производится не позднее чем через месяц со дня получения воинской частью заключения военно - врачебной комиссии, не считая времени нахождения военнослужащего в отпуске (отпусках).

16. Военнослужащий, уволенный с военной службы, на день исключения из списков личного состава воинской части должен быть полностью обеспечен установленным денежным довольствием, продовольственным и вещевым обеспечением. До проведения с военнослужащим всех необходимых расчетов он из списков личного состава воинской части без его согласия не исключается.

Вывод: никакого рапорта вам писать не надо. Это же указано в файле - заключение ВВК.
Желаю вам удачи и выздоровления! Если имеются еще вопросы или возникли новые – обращайтесь, буду рада помочь.
Пожалуйста, оставьте оценку за мой ответ, надеюсь, он стал для вас полезен.
С уважением, 2014_jurist@inbox.ru